NGS - Next Generation Sequencing - novos desafios20 de julho de 2018

Desafios do sequenciamento de Nova Geração

Nos últimos 10 anos, o sequenciamento de próxima geração (NGS) cresceu aos trancos e barrancos. As demandas aumentaram e os custos caíram - ambos por ordens de grandeza. Com mais de 10.000 instrumentos instalados em todo o mundo, enfrentamos um paradoxo: a geração atual e a nova geração são uma e a mesma. "Nova", no contexto do sequenciamento, quase perdeu completamente o seu significado. Podemos também aceitar que o "sequenciamento de nova geração" agora é apenas "sequenciamento". As principais empresas de plataforma passaram os últimos dois anos concentrando-se em melhorar a facilidade de uso. Os novos sistemas da Illumina, como os sistemas NextSeq, MiSeq e MiniSeq, operam através do uso de cartuchos de reagentes, reduzindo o número de manipulações e o tempo de "hands on". As plataformas Ion Torrent da Thermo Fisher Scientific têm sido historicamente mais difíceis de usar do que as plataformas Illumina. No entanto, o sistema mais recente da Thermo, o Ion S5, foi projetado especificamente para simplificar todo o fluxo de trabalho, desde a preparação da biblioteca até a geração de dados. Depois de ouvir sobre as muitas melhorias do sequenciamento - maior rendimento, custos mais baixos e melhor facilidade de uso - o observador casual pode imaginar que todo o trabalho árduo foi feito e que todas as barreiras ao progresso foram removidas. Mas o trabalho duro acabou de começar e muitos desafios permanecem. Uma das primeiras áreas em que os problemas podem surgir é, frequentemente, a qualidade de amostra mais negligenciada. Embora as plataformas sejam frequentemente testadas e comparadas usando amostras altamente selecionadas (como o material de referência do Genome in a Bottle Consortium), as amostras do mundo real geralmente apresentam muito mais desafios. Para sequenciamento humano, um dos tipos de amostras mais populares é FFPE (embebido em parafina fixada em formol). FFPE é popular por uma variedade de razões, pricipalmente pela grande abundância de amostras FFPE. Segundo algumas estimativas, mais de um bilhão de amostras da FFPE são arquivadas em todo o mundo. Esse número continuará a crescer agora que o armazenamento de amostras clínicas em blocos FFPE se tornou uma prática padrão em toda a indústria. Além de estarem amplamente disponíveis, as amostras de FFPE geralmente contêm informações fenotípicas incrivelmente úteis. Por exemplo, amostras de FFPE são frequentemente associadas a tratamento médico e dados de resultados clínicos. As quantias variáveis ​​e os tipos de danos, se ignorados, podem afetar negativamente os resultados finais. “O impacto em aplicações downstream, como o sequenciamento, pode ser profundo: de simples falhas de biblioteca a bibliotecas que produzem dados espúrios, levando a erros de interpretação dos resultados”, continua o Dr. Thormar. Portanto, é essencial avaliar adequadamente a qualidade de cada amostra no início do projeto de seqüenciamento.

 

Direitos reservados: Shawn C. Baker, Ph.D. AllSeq - https://www.nature.com/subjects/next-generation-sequencing

Categorias: NGS, sequencimento, genoma
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